El Seminario organiza cada año, por el término de una semana, un INSTITUTO BÍBLICO-PASTORAL, al que son convocados pastores, sacerdotes, ministros y laicos interesados en profundizar y reflexionar sobre los principales temas que desafían la práctica pastoral en la comunidad de fe.
Desde el año 2001 y hasta el 2025 se han organizado un total de 23 de estos institutos, y 827 participantes han recibido Certificados acreditativos. Los institutos se ofrecen en la sede central del SET, en Matanzas, y ocasionalmente se han celebrado también en Santiago de Cuba, todos en modalidad presencial.
Cada instituto se dedica a un tema central y algunas de las temáticas abordadas han sido: «Familia, Iglesia y formación de valores», «Pastoral infantil», «Misión integral de la Iglesia», «La hospitalidad», «El discipulado transformado y transformador», «Solución de conflictos y reconciliación», «Vocación», «Diaconía», «Cultura de paz» y «Teología de la alegría».
Este programa es otro canal que abre el Seminario para contribuir al mejoramiento del ministerio ordenado y de la feligresía general de las iglesias.